新疆科协是由新疆维吾尔自治区学会、协会、研究会和地区、自治州、地级市科学技术协会及各族科技工作者组成的群众组织，也是中共新疆维吾尔自治区党委领导下的人民团体，是党和政府联系科技工作者的桥梁和纽带，是自治区发展科学技术事业的重要力量，是中国科学技术协会的地方组织，是政协新疆维吾尔自治区委员会的组成单位之一。
新疆科协内设办公室、组织人事部、计划财务部、调研宣传部、学会学术部（国际部）、科学技术普及部、老干处、机关党委，反邪教协会施个部门；下设科技馆、信息中心、院士咨询新疆工作站、科普活动中心、科技服务中心、科普杂志社、农村专业技术服务中心、机关服务中心8个事业单位。